【現在設定中のコード】にある「②以下コードをJSの欄に設置」部分を下記の通り修正してみてくださいませ。

修正前

const popupRoot = window.parent.document.getElementById('popup-root');

修正後

const popupRoot = window.parent.document.getElementById('fixed-popup-root');

なお、コード量増えますがどちらでも使えるコードもあります。

参考まで。

var popupRoot;
['popup-root','fixed-popup-root','link-popup-root'].some((popup) =>{
  if(!window.parent.document.querySelector('#' + popup + ' iframe')) return;
  if(window === window.parent.document.querySelector('#' + popup + ' iframe').contentWindow){
    popupRoot = window.parent.document.getElementById(popup);
    return true;
  }
})

参考：ポップアップの親DOMを取得する