ポップアップの管理画面からコードの追加をお願いします。

HTML→JSタブ内の下記コード部分を変更後のものに差し替えてみてください。

変更前

if(popupRoot){
  Array.from(popupRoot.querySelectorAll('a > iframe'), el => {
    el.style.pointerEvents = 'all';
    });
}

変更後

if(popupRoot){
  Array.from(popupRoot.querySelectorAll('a > iframe'), el => {
    el.style.pointerEvents = 'all';
    });
  Array.from(popupRoot.querySelectorAll(':scope > div'), el => {
    el.style.zIndex = 99998;
  });
}